Wird eine Kapitalgesellschaft auf eine andere Kapitalgesellschaft verschmolzen, bleibt bei der übernehmenden Gesellschaft ein Gewinn oder Verlust in Höhe des Unterschieds zwischen dem Buchwert der Anteile an der übertragenden Gesellschaft und dem Wert, mit dem die übergegangenen Wirtschaftsgüter zu übernehmen sind, abzüglich der Kosten des Vermögensübergangs außer Ansatz. Allerdings gelten 5 % des Gewinns als nichtabzugsfähige Betriebsausgaben, sodass im Ergebnis nur 95 % steuerfrei bleiben.
Der Bundesfinanzhof hat entgegen der Auffassung der Finanzverwaltung entschieden, dass die 5%-ige Versteuerung in Organschaftsfällen nicht zum Tragen kommt, wenn eine Kapitalgesellschaft auf ihre Muttergesellschaft verschmolzen wird (Aufwärtsverschmelzung), die ihrerseits Organgesellschaft einer körperschaftsteuerlichen Organschaft mit einer Kapitalgesellschaft als Organträgerin ist. Eine Versteuerung findet weder auf Ebene der Muttergesellschaft noch auf Ebene der Organträgerin statt. Die sog. Bruttomethode kommt nicht zur Anwendung, da der Übertragungsgewinn nicht im Einkommen der Organgesellschaft enthalten ist.